No menos de tres especies de hipopótamos de Madagascar se extinguieron durante el Holoceno en Madagascar, uno de ellos dentro de los últimos 1000 años. Los hipopótamos de Madagascar eran más pequeños que el hipopótamo común actual, probablemente por un proceso de enanismo insular. Existen evidencias fósiles de que muchos de estos hipopótamos eran cazados por los humanos, un factor que probablemente influyó en su extinción.45 46 Algunos ejemplares aislados de hipopótamos de Madagascar podrían haber sobrevivido en pequeñas áreas remotas; en 1976 unos aldeanos describieron a un animal vivo que llamaron «Kilopilopitsofy», que puede haber sido uno de estos hipopótamos.
Dos especies distantes, el hipopótamo europeo (H. antiquus) y H. gorgops se distribuían a lo largo de Europa continental y las islas Británicas. Ambas especies se extinguieron antes de la última glaciación. Los antepasados del hipopótamo europeo encontraron una vía hasta muchas islas del Mediterráneodurante el Pleistoceno. Ambas especies eran de mayor tamaño que el hipopótamo común actual, con aproximadamente un metro más de longitud media.
El Pleistoceno también fue testigo de la evolución de varias especies de pequeño tamaño en varias islas del Mediterráneo, como (H. creutzburgi), Chipre (H. minor), Malta (H. melitensis) y Sicilia (H. pentlandi). De éstos, H. creutzburgi sobrevivió hasta finales del Pleistoceno o principios del Holoceno. Muestras encontradas en el yacimiento arqueológico de Aetokremnos, siguen siendo objeto de debate sobre si la especie fue descubierta y conducida a su extinción por el hombre.
